故事发生在暗之书事件十年之后，奈叶、菲特和疾风都已经成为时空管理局的精英部队，她们一同在机动六课工作。
有一天，两位新成员昴和迪亚娜的加入，拉开了新事件的开端。她们在寻找圣遗结晶的过程中遭遇了神秘的无人战斗机的袭击，事件持续扩大，次元世界的全部都被卷入了进去……
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